碟管式超濾膜在運行相當長的一段時間后，在濃差極化影響下，逐漸形成凝膠層和污染物沉積層，并在壓力差的作用下慢慢被壓實，使流體阻力顯著增加，透水通量急劇下降，采用物理方法不能使通量恢復時，必須用化學清洗劑進行清洗。
但對膜進行清洗時，應當注意兩點：一是必須事先弄清楚污染物的組成及污染性質。這樣才能采取有效的清洗方法。二是如能用清水沖洗，應盡量用清水沖洗。只有當清水沖洗達不到理想效果時，才考慮用化學清洗方法。為此超濾膜的清洗，又可分為物理清洗法和化學清洗法兩種。
物理清洗法：
在這方面用的超多超普遍的就是水力沖洗法。它又可因水力沖洗方向的不同，分為逆向沖洗、反沖洗和正洗沖洗。
逆向沖洗：
用原水沖洗膜內和進水端面的雜質。
反沖洗：
用超濾水從膜塊表面的污染物沖松散、剝落，分別從進水口和濃縮口排出(可加酸、堿或次氯酸鈉等藥品加強清洗效果)。
正洗沖洗：
用原水沖洗膜內和端面的雜質，按運行狀態將超濾膜清洗干凈。
化學清洗法：
根據膜表面污染物質的種類，選擇適當的化學藥品與之進行溶解、氧化或其他化學反應達到去除的目的。常用的化學藥品的選擇必須根據膜材料的性質選擇，如酸類、堿類、氧化劑、殺菌劑、表面活性劑以及加酶洗滌劑等。進行方法與正常超濾過程相同，清洗液自原液入口處進入，濃縮液及超濾液全部返回清洗液容器，循環后排放，以凈水洗凈即可。
酸性清洗劑常用的有0.1N鹽酸溶液，0.1M草酸溶液，1～3%檸檬酸、檸檬酸胺、EDTA等。這類清洗劑在去除鈣離子、鎂離子、氟離子等金屬離子及其氫氧化物，無機鹽凝膠層是較為有效的。
堿性清洗劑主要是0.1～0.5%的NaOH水溶液。它對去除蛋白質，油脂類的污染具有良好的效果。
氧化性清洗劑如1～1.5%雙氧水、0.5～1%NaOCl、0.05～0.1%疊氮酸鈉等，對去除有機物質的污染有顯著效果。
氧化性清洗劑如1～1.5%雙氧水、0.5～1%NaOCl、0.05～0.1%疊氮酸鈉等，對去除有機物質的污染有顯著效果。
生物酶制劑如1%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，對去除蛋白質、多糖、油脂類的污染是有效的。對去除有機物污染也有一定效果。應用酶清洗劑時，如能在55～60℃下進行清洗效果更佳。清洗時間的長短與酶濃度的高低有關。
碟管式超濾膜在特定條件下采用化學清洗方法雖是必要，但使用時須慎重。要避免化學清洗劑破壞膜的分離性能;不能使污染物發生變形，加重膜的污染;不應破壞污染物的膠體性質，使它變硬僵化。在食品工業，醫藥工業生產中，不能讓清洗劑的殘留物影響產品質量等。
超濾膜設備超好每月檢查一次，同時檢查閥體是否有泄漏。 UF超濾裝置 按常規要求檢查進水水質。同時檢測UF系統的產水流量和運行壓力。
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